Про вторую часть комментить не буду, а насчет первой... насколько понял, в 11-й есть два способа запретить это самое прерывание по КС: либо сменой бита в порту, либо сменой приоритета процессора через PSW (у прерывания приоритет 4, ставим больше, и оно не срабатывает). Вот один из этих способов, видимо, и "глючил", ибо сам сигнал прерывания с проца еще не снят, и происходил его повторный захват (на Спектруме можно поймать схожий баг).
В общем, предлагаю gid-у не париться и делать, как в 11-й =) Тем более в эмуле никаких схем паять не нужно.
Наступило время "перерисовки экрана" (смены кадра) - эмуль дает отмашку на срабатывание прерывания, если бит в порту выставлен.